MAN Salatiga telah menjadikan Tahfizh Al Qur’an sebagai keunggulan :
- Setiap pagi peserta didik menghafal juz 30.
- Alumni MAN Salatiga secara umum harus hafal juz 30.
- Peserta didik program tahfizh di asrama, ditargetkan hafal 2 juz/semester
- Peserta didik hafal Al Qur’an 1 juz diberikan uang pembinaan dan beasiswa bebas 3 bulan SOP.